Öncelikle soruya cevap vereyim, tek hosting ile bu sağlanabir sorun yok.
Windows Server üzerine filemaker server kurulumu yaparken webdirect dahil tüm bileşenleri kurun. Filemaker server kurulumda web server olarak IIS yapılandırmasını kendisi otomatik yapıyor. Php dosyalarını da direk filemaker server klasörü içerisindeki httpserver klasörün de çalıştırabiliyoruz. Ek olarak yaptığım son denemeler de filemaker server windowsta ve mac os ta xamp kurup web sunucu olarak macosu , database sunucu olarak windowsu kullanabiliyoruz. Benzer durumu zannımca linux içinde kullanabiliriz diye düşünüyorum. Yani database windows ta olacak web sunucu linux olacak şekilde kullanabiliriz diye düşünüyorum.