Merhaba,
1- Filemaker 'da milyonlarca kayıt barındırabilirsiniz herhangi bir kayıp yaşamazsınız. Veritabanı yapısı düzgün bir şekilde kurulursa uzun yıllar sorunsuz bir şekilde kullanabilirsiniz.
2- C# ile geliştirdiğiniz programa filemaker veri tabanını ODBC ile direk bağlayabilirsiniz. Basit bir google aramasında bunu buldum = video Veya SQL veri tabanı oluşturup filemaker daki kayıtlarınızı SQL veri tabanına aktarabilirsiniz ve C# ile SQL bağlantısı yaparsınız.
İyi çalışmalar.